通过乳腺癌的基因组分析所证实癌症的突变景观是复杂的，黑色素瘤[，肝癌和许多其他主要的癌症类型。下一代测序（NGS）技术的进步已经实现了肿瘤序列与正常序列之间快速，经济高效的比较，这是癌症新抗原鉴定的起点（图1）。

图1新抗原疫苗的设计与制造

    DNA测序检测到的许多体细胞突变均未表达（即非编码突变，无义突变或单等位基因表达）。对于那些表达的突变导致氨基酸序列改变，异常氨基酸序列必须成功翻译，然后加工成短肽片段，并在MHC分子的背景下展示在细胞表面上，以便被免疫系统识别。抗原的处理和呈递是一个复杂的过程，涉及多个步骤，可能会影响新抗原的呈递。MHC I类和II类分子的抗原加工过程不同。MHC I类分子呈现内源产生或由专业抗原呈递细胞获得的8-10个氨基酸肽。MHC II类分子呈现出更长的肽（11-20个氨基酸），这些肽来自外源蛋白质。因此，预测体细胞突变是否会产生新抗原取决于以下几个关键因素：（i）体细胞突变是否在蛋白质水平表达；（ii）突变蛋白是否可以天然加工成合适的肽用于呈递，（ iii）突变体肽与患者自身MHC分子的结合亲和力；以及（iv）突变体肽/ MHC复合体与响应性T细胞的TCR的亲和力。更多内容请查看原文献。

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肿瘤组织外显子测序--->肿瘤新生抗原序列筛选--->新生抗原多肽制备